En 2015, dans un Japon post-apocalyptique, lorsque le jeune Shinji Ikari arrive à Tokyo 3, un robot géant ainsi qu'une entité inconnu sont en train de se battre. Sauvé par une belle jeune femme, il est emmené au QG de la NERV, dernier rempart de l'humanité. Son père lui demande alors de piloter une eva, sorte de robot géant, en lieu et place d'une jeune fille blessée. Le combat contre la créature appelé ange commence...